対象と結論
個人事業でネットショップを始めると、最初の確定申告の前に会計ソフトを選ぶことになります。freee、マネーフォワード クラウド、やよいの青色申告 オンライン。機能の一覧を見比べても決まりません。決まらない理由は簡単で、どれも機能は足りているからです。決め手は連携です。機能の数ではなく、自分が使う銀行口座・カード・売り先と自動でつながるかどうか。つながらない経路は手入力になる。手入力が残る限り、確定申告は楽になりません。
結論を先に書きます。事業用の銀行口座とカード、売り先のネットショップやモールの売上が自動で取り込めるソフトを選ぶ。以上。freee とマネーフォワードの差は小さい。画面の好みで決めてよい。やよいは低価格ですが、管理画面に癖があるというのが運営者の見立てで、法人化を見据える人向けと考えています。開業届と青色申告承認申請書は、会計ソフトの無料の機能で作って出せます。
運営者の時計店 Timeseek（timeseek.net）は freee を使っていて、銀行とカードを連携し、税理士が付くプランにしてからは、年に一度まとめて領収書と格闘する確定申告が、月ごとに仕分けを確かめるだけの作業に変わったという実感があります。楽です。マネーフォワードとの違いは小さいので、どちらでも構いません。数字は書きません。
料金は、freee会計・マネーフォワード クラウド確定申告・やよいの青色申告 オンラインのいずれも、公式ページを 2026-09-11 に読んだ値です。契約の前に各社の公式ページで確かめてください。
条件を確認
先に、自分のお金の経路を四つ書き出します。四つだけ。
- 銀行: 事業用の口座はどこか。私用と分けているか
- カード: 事業の支払いに使うカードはどれか。私用と分けているか
- 売り先: 自社サイト（BASE・STORES・カラーミー・Shopify など）とモール（楽天・Yahoo・Amazon）のうち、どこから売上が入るか
- 申告: 青色申告で65万円の控除を取りたいか。取るなら電子帳簿保存か e-Tax が条件（国税庁 No.2070、確認日 2026-09-11）
つながる経路とつながらない経路
会計ソフトの価値は、この四つの経路のうちいくつが自動で取り込めるかで決まります。それだけです。架空の店の例です（架空データの例）。
| 経路 | 架空の店の例 | 自動でつながるか | つながらない場合 |
|---|---|---|---|
| 銀行 | ネットバンク1口座 | 各社とも主要な銀行に対応。自分の銀行が一覧にあるかを確認 | 明細を CSV で取り込むか手入力 |
| カード | 事業用カード1枚 | 同上。カード会社が一覧にあるかを確認 | 同上 |
| 自社サイトの売上 | カートサービスの入金 | カートの種類で対応が分かれる。各社の連携先一覧で確認 | 入金額を銀行の明細から起こし、手数料を別に仕分け |
| モールの売上 | 楽天市場 | 同上 | 同上 |
自社サイトとモールの売上は、入金額が「売上から手数料を引いた額」で入ってきます。ここが厄介。売上と手数料を分けて帳簿に載せる作業が、自動連携の有無で一番差が出るところです。ここが手作業だと、毎月の入金の数だけ仕分けが増え、売り先が二つ三つと増えるにつれて確定申告の直前にまとめて片づける羽目になります。この記事では各社の連携先の一覧を確かめていないので、契約前に自分の売り先が一覧にあるかを見てください。
判定と次の行動
| 条件 | 判定 | 次の行動 |
|---|---|---|
| 銀行・カード・売り先の全部が候補の連携先にある | そのソフトを選ぶ。freee とマネーフォワードのどちらでもよい | 無料期間で1か月分を取り込み、仕分けの手間を見る |
| 売り先が連携先にない | 連携先にある方を選ぶ | 両方に無ければ、入金額から売上と手数料を分ける手順を先に決める |
| 法人化を1〜2年で見据えている | やよいも候補に入れる | 個人から法人へ移るときの引き継ぎを各社で確認 |
| 確定申告を税理士に任せたい | 税理士が付くプランがあるソフト | 運営者は freee の税理士が付くプランを利用。他社の同種のプランも公式で確認 |
| 65万円の控除を取りたい | どのソフトでも e-Tax で出せるかを確認 | 電子申告の対応と、マイナンバーカードの準備 |
上から順に当てて、最初に当たったところで止めます。迷ったら試用。
無料・標準機能で足りる場合
開業届と青色申告承認申請書は、会計ソフトの無料の機能で作れます。運営者は freee の開業届の機能（freee開業、無料）で作って出しました。マネーフォワード クラウド開業届も登録から書類作成まで無料です（公式ページ、確認日 2026-09-11）。作成は無料で、そのあとの会計ソフトの契約とは別です。青色申告承認申請書は開業から2か月以内が期限です（国税庁 No.2090、確認日 2026-09-11）。
どの会計ソフトにも無料で試す方法があります。freee会計は30日間、マネーフォワード クラウド確定申告は1か月、やよいの青色申告 オンラインはセルフとベーシックが初年度無料です（2027年3月15日までの申込、確認日 2026-09-11）。freee は公式で確認します。やよいの初年度無料は自動更新の決済登録が条件なので、2年目に入る前に続けるかを決めます。試用の間に、銀行とカードを連携して1か月分を取り込み、売り先の入金を仕分けてみる。それで手入力がどれだけ残るかが分かる。試用で分かる。
帳簿を自分で付けるのが無理だと分かったら、税理士が付くプランを選ぶ方が安くつくことがあります。自分の時間には値段があるからで、月に数時間を仕分けに使うくらいなら、その分を仕入れや商品ページに回した方が店は前に進みます。運営者はそうしました。楽になりました。年に一度の確定申告を、月ごとの仕分けの確認に変えられるからです。
比較
3社を、経路の連携と料金の出方で並べた表です。料金は3社とも公式ページの確認日つきの値です。
| 条件 | freee会計 | マネーフォワード クラウド（確定申告） | 弥生シリーズ（やよいの青色申告 オンライン） |
|---|---|---|---|
| 個人向けの料金 | スターター 年払い980円/月（月払い1,780円）、スタンダード 年払い1,980円/月（月払い2,980円）、プレミアム 年払いのみ年額39,800円（税抜、確認日 2026-09-11） | パーソナルミニ 年払い900円/月、パーソナル 年払い1,280円/月、パーソナルプラス 年払いのみ2,980円/月（税抜、確認日 2026-09-11） | 2年目以降の年額でセルフ11,800円、ベーシック22,800円、トータル39,600円（税抜、確認日 2026-09-11） |
| 無料の試用 | 公式で確認 | 1か月（確認日 2026-09-11） | 2027年3月15日までの申込でセルフとベーシックは初年度無料、トータルは初年度半額（自動更新の決済登録が要る） |
| 銀行・カードの連携 | 主要な銀行とカードに対応。自分の口座が一覧にあるかを確認 | 同左 | 同左 |
| ネットショップ・モールの売上の取り込み | 連携先一覧で確認 | 連携先一覧で確認 | 連携先一覧で確認 |
| 開業届の作成 | 無料の機能あり（運営者が利用） | 無料の機能あり | 公式で確認 |
| 税理士が付くプラン | あり（運営者が利用） | 公式で確認 | 公式で確認 |
| 消費税の申告 | 公式で確認 | パーソナル以上で対応（確認日 2026-09-11） | 公式で確認 |
| 運営者の見立て | 画面が分かりやすい。運営者が利用中 | freee との差は小さい | 低価格だが画面に癖がある。法人化を見据える人向け |
| 実店舗での検証 | 運営者が Timeseek で利用中（数字は非公開） | 未実施 | 未実施 |
「運営者の見立て」の行は、各社の機能を一つずつ比べた結果ではありません。運営者が freee を使っている事実と、他社の画面を見た印象です。提携が有効な商材には、表や案内のリンクに「PR」の印が付きます。「PR」の印がない商材は、提携は未確認か、報酬の発生しない通常の案内です。
費用の見方
月額は年払いと月払いで違い、消費税の申告や電話サポートで段が上がります。見るのは、自分に要る機能が入る最小の段です。消費税の申告が要るか、電話で聞きたいか。確認日を添え、年に一度は見直します。会計ソフトの月額より、手入力が残る経路の作業時間の方が高くつく。だから連携先の確認が先です。
進め方を選ぶ
- freee かマネーフォワードで始める: 公式ページで自分の銀行・カード・売り先が連携先にあるかを確かめ、無料の試用で1か月分を取り込みます。提携が確認できたら、ここに紹介リンクを置きます
- やよいで始める: 法人化を見据える場合。公式ページで料金と連携先を確認します
- 迷う場合だけ相談する: 相談から状況を送れます（任意。受託は初期の範囲外で、税務の個別判断はしません）
どの進め方でも、この記事の表を使うのに登録や紹介リンクは要りません。
導入・検証・戻し方
順番です。六つ。実行ログはなく、運営者の経験に基づく提案です。
- 事業用の銀行口座とカードを私用と分ける
- 候補のソフトの連携先一覧で、自分の銀行・カード・売り先を確かめる
- 無料の試用で銀行とカードを連携し、1か月分を取り込む。売り先の入金を売上と手数料に分けて仕分ける
- 手入力が残る経路と、その月の作業時間を書き出す
- 残る経路が多ければ、税理士が付くプランか、もう一方のソフトで同じ1か月を試す
- 決めたら、開業届と青色申告承認申請書をソフトの機能で作って出す（開業から2か月以内）
戻し方は、無料の試用の間なら解約するだけです。契約後に乗り換える場合は、仕分け済みのデータを書き出して次のソフトへ取り込みますが、取り込める形式は各社で違ううえに、年の途中で変えると同じ年の帳簿が二つのソフトに分かれて申告の集計が面倒になるので、乗り換えは年が変わるときに行います。
検証と制約
実店舗での検証は未実施です。この記事の経路の表は架空データの例で、作業時間の削減は測っていません。
料金で確認日つきに書けたのは、freee会計の4段と無料期間、マネーフォワード クラウド確定申告の3段と無料期間、やよいの青色申告 オンラインの3段と初年度のキャンペーンです（2026-09-11）。各社の連携先の一覧（銀行・カード・カート・モール）も、この記事では確かめていません。
freee・マネーフォワード クラウド・弥生の紹介の提携は、商材ごとに状態が違います。紹介リンクには通常のリンクと区別する属性を付け、「PR」の印を表示します。運営者が freee を使っている事実は書きましたが、それを理由に他社より優れているとは書いていません。税務の個別判断は税理士か税務署で確かめてください。
出典
- A01: 確定申告ソフトの料金 - マネーフォワード クラウド確定申告（マネーフォワード、確認日 2026-09-11）
- A02: 個人事業主向け料金プラン｜freee会計（freee、確認日 2026-09-11。税抜）
- Y01: やよいの青色申告 オンライン 料金プラン（弥生、確認日 2026-09-11）
- O01: マネーフォワード クラウド開業届（マネーフォワード、確認日 2026-09-11）
- O02: 開業freee、開業時に必要な届出書の電子申告に対応（freee、2019年10月3日発表）
- N03: No.2090 新たに事業を始めたときの届出など（国税庁、確認日 2026-09-11）
- N04: No.2070 青色申告制度（国税庁、確認日 2026-09-11）
- G01: 役に立つ、人を第一にしたコンテンツ（Google、確認日 2026-09-07）
- G02: Google Web Search spam policies（Google、確認日 2026-09-07）
- V301: Google Search generative AI optimization guide（Google、確認日 2026-09-07）
- V306: Structured data general guidelines（Google、確認日 2026-09-07）
- V308: Qualify outbound links（Google、確認日 2026-09-07）
紹介関係の開示: この記事で名前を挙げた freee、マネーフォワード クラウド、弥生のうち、提携が有効なものには「PR」の印を付けています。印のないものは提携は未確認か、通常の案内です。料金と条件は各社の公式サイトで確認してください。表を使うのに登録や紹介利用は要りません。